El inicio de la Guerra Civil supuso la casi total paralización de actividades durante casi tres años. Durante este periodo únicamente se atendió el cobro de las deudas de los socios y el pago de los proveedores de las mercancías servidas pendientes de reembolso.
En este transcurso de tiempo, en el que las actividades Caja Rural Central languidecieron, hasta el punto de quedar limitadas al cobro y pago de obligaciones vencidas, aunque subsistiendo al propósito de los incautadores, de ver aniquilada y disuelta la propia Institución.
Los perjuicios tras estos hechos fueron evidentes. De hecho, el 22 de julio de 1936 las oficinas de nuestra entidad fueron incendiadas. Tras esto, y hasta primeros de abril de 1939, la Federación de Sindicatos Agrícolas, estuvo controlada e intervenida por Gobierno de la República a través de la Comisón de Agricultura del Frente Popular y suspendido en sus funciones el Consejo Directivo de la Federación.
Días después de la fecha oficial de la Liberación, la entidad emprende de nuevo su actividad por la ruta que 20 años antes desarrollaba. La primera operación que realiza en esta segunda etapa, es la distribución de unos vagones de harina y otros artículos de primera necesidad que diferentes autoridades hicieron traer a Orihuela, conocedores de las carencias existentes en consecuencia de la recién terminada guerra.
Además, se emprendió inmediatamente después la reorganización de los Sindicatos Agrícolas ya existentes en 1936, impulsando así la constitución de otros nuevos, que llegan a alcanzar el número de 52, en las provincias de Alicante, Murcia y Albacete.
